Природные ценности пещеры Слатински Извор значимы в нескольких аспектах. Это наибольшая изо всех разведанных на сегодняшний день пещер в Республике Македония с общей длиной всех каналов более километра. Их пространственное соотношение, то есть количество внутренних морфологических элементов (склоны, каскады, сухое русло реки, речная терраса, отложение песка, а также количество, разнообразие и размеры украшений пещеры – сталактитов, сталагмитов) делает пещеру уникальным природным явлением. Она характеризуется гидрографическими элементами (пещерная река с разветвлениями, ущелья, озеро, известковые пруды, источники на выходе из пещеры), а также наличием форм жизни в пещере.
Среди характеристик пещеры, можно назвать недавнее открытие настоящей длины существующего канала - 1100 метров (ранее известная длина – 300 метров). Благодаря этой длине, пещера Слатински Извор стала наиболее длинной изо всех пещер, разведанных на сегодняшний день в Республике Македония. По своей гидрографической функции, Пещера Слатински Извор является активной пещерой-источником. Она была создана с помощью механического и коррозионного воздействия водного потока, проявившегося в виде источника на выходе из пещеры. Помимо механической и коррозионной активности потока воды, на формирование пещеры также сильно повлияла микротектоника, которая инициировала направление потока грунтовых вод, то есть направление пещерных каналов. Падение потока подземных вод в пещере Слатински Извор шло параллельно с иссушением реки Слатина и главной водной артерии – реки Треска. Это подтверждается генезисом пещер, расположенных в непосредственной близости от деревни Слатино.
Они расположены примерно в 60 метрах над уровнем реки Слатина и связаны с водно-ледниковой террасой в 50 - 60 метрах от деревни Белица. Пещеры, вероятно, были созданы в течение этого последнего ледникового этапа. Этот способ определения возраста пещер - в корреляции с рельефом поверхности - является новинкой в спелеологической науке (Йованович, 1928 год). Вышеназванные пещеры в бассейне реки Слатина были созданы потоками грунтовых вод, которые больше не существуют внутри них. Настоящая карстовая гидрографическая зона находится на уровне реки Треска. Это лучше всего видно в пещере Слатински Извор, которая, по своему происхождению, является самым молодым карстовым образованием в пределах речного бассейна. Его появление датируется в начале голоцена, в то время как эволюция пещеры продолжается.