Началом протекающей в Германии реки Везер считается место слияния двух рек - Верры и Фульды в городе Ганноверш-Мюнден. Здесь в 1899 году установлен камень с соответствующей надписью. Отсюда и до самого моря река по большей части течёт в северном направлении. Сначала она протекает через покрытое лесами Немецкое среднегорье в узкой, с крутыми склонами, долине.
В средней и нижней части, вплоть до впадения в Северное море, река течёт через Северо-Германскою низменность. В городе Минден река протекает под водным мостом, через который проходит Среднегерманский канал, посредством которого река Везер соединяется с реками Рейн, Эмс и Эльба. Впадает в Гельголандскую бухту, причём в месте впадения ширина реки достигает 11 километров.
Питание реки снеговое и дождевое. Судоходна на всём протяжении, при этом от устья до Бремена поднимаются даже океанские суда.
Основными притоками реки являются Аллер, Хунте, Димель и Гросе-Ауэ. На реке расположены многочисленные города, наиболее крупными являются Бремен, Бремерхафен, Минден и Хамельн.