Город Киото расположен на юго-западе одноименной префектуры в центральной части острова Хонсю. Границами города являются разломы гор, окружающих Киотскую впадину, на территории которой он находится.
Первые люди заселяют территорию Киото еще в эпоху неолита, что подтверждается археологическими исследованиями. Однако активно застраиваться город начинает лишь в VII веке, когда аристократический род Хата основывает здесь свою резиденцию. В этот период здесь возводятся укрепления, поднимается целина, проводятся ирригационные работы, развивается ткачество и шелководство. Подтверждением величия рода Хата является расположенный в самом центре города курган Хэбицука, где захоронены представители рода Хата. Здесь же можно увидеть и буддистский монастырь Корюдзи, возведенный главой Дома Кавакацу. В конце VIII века из-за политической нестабильности Императором Камму было решено перенести столицу Японии из Нары. Однако в результате кончины главного архитектора, в 794 году Император приказал в Киотской впадине возвести новую столицу – «столицу мира» Хэйан. Строительство было возложено на Фудзивара Огуромаро. Именно на основе этой новой столицы и возник современный Киото.
Образцом для строительства Хэйана явилась столица Китая Чанъань. На севере столицы располагался императорский дворец, здесь же и на северо-востоке находились усадьбы вельмож, а на юге селилось простонародье. В новой столице были сосредоточены все образованные люди, создавшие впоследствии высокую культуру. В XII-XIV веках данный район являлся центром политической жизни, где располагалась самурайская администрация, а в XV веке Хэйан был переименован в Киото. В 1467-1477 года в результате смуты город оказался сожжен и разорван на две части: Камигё и Симогё.
В 1568 году город оказался во власти Оды Нобунаги, который начал капитальное восстановление города. Им были заново отстроены Императорский дворец, замок Нидзё, поднята экономика, налажена система сообщения, две части объединены в одно целое. После того, как к власти в 1603 году пришел сёгунат Токугава, политический центр был перенесен в город Эдо, однако Киото по прежнему оставался столицей Японии. В течение XVII-XIX веков Киото являлся богатейшим городом Японии, однако в 1894 году сильнейший пожар уничтожил большую часть города. В 1898 году после того как столица Японии была окончательно перенесена в город Эдо, который затем был переименован в Токио, Киото утратил свое политическое значение.